De zorggroep heeft drie organisatieniveaus. Strategisch niveau: raad van bestuur samen met bestuur medische staf. Tactisch niveau: clusters, diensten en stafafdelingen. Operationeel niveau: afdelingen.

Op ieder organisatieniveau is sprake van duaal en integraal management. Het duale management is voor het betreffende organisatieonderdeel verantwoordelijk voor de inhoud en de realisatie van het beleid, de inzet van de benodigde middelen en de sturing op resultaten binnen het afgesproken budget. De toepassing van duaal en integraal management stimuleert de samenwerking tussen de verschillende disciplines, zoals de medische, verpleegkundige en verzorgende professionals.

De St. Anna Zorggroep hanteert het uitgangspunt dat het primaire proces zoveel mogelijk op operationeel niveau georganiseerd wordt. Daarom wordt ernaar gestreefd de bijbehorende verantwoordelijkheden en bevoegdheden zo laag mogelijk in de organisatie neer te leggen.